Reorders the latent class membership for specified latent class variables in an slcafit object.
Usage
# S3 method for class 'slcafit'
reorder(x, ...)Examples
library(magrittr)
nlsy_jlcpa %>% param
#> PI :
#> (PROF)
#> class
#> 1 2 3 4
#> 0.2790 0.2146 0.2869 0.2195
#>
#> TAU :
#> (A)
#> parent
#> child 1 2 3 4
#> 1 0.0000 0.0000 0.1745 0.0000
#> 2 0.0901 0.4456 0.1939 0.0403
#> 3 0.3771 0.1675 0.1825 0.7018
#> 4 0.2620 0.0000 0.0000 0.0813
#> 5 0.2709 0.3869 0.4491 0.1766
#>
#> parent PROF
#> child SUB_98
#> (B)
#> parent
#> child 1 2 3 4
#> 1 0.0000 0.0114 0.8719 0.0000
#> 2 0.0000 0.9617 0.0000 0.0079
#> 3 0.0000 0.0000 0.0965 0.9210
#> 4 0.9941 0.0000 0.0000 0.0711
#> 5 0.0059 0.0269 0.0316 0.0000
#>
#> parent PROF
#> child SUB_03
#> (C)
#> parent
#> child 1 2 3 4
#> 1 0.0019 0.1821 0.8024 0.0319
#> 2 0.0097 0.7202 0.0000 0.0000
#> 3 0.0573 0.0442 0.1844 0.7168
#> 4 0.9311 0.0356 0.0084 0.2473
#> 5 0.0000 0.0179 0.0048 0.0040
#>
#> parent PROF
#> child SUB_08
#> (D)
#> parent
#> child 1 2 3 4 5
#> 1 0.0254 0.0457 0.9505 0.7958 0.1613
#> 2 0.7516 0.6690 0.0051 0.0000 0.1631
#> 3 0.2230 0.2853 0.0444 0.2042 0.6755
#>
#> parent SUB_98 SUB_03 SUB_08
#> child SMK_98 SMK_03 SMK_08
#> (E)
#> parent
#> child 1 2 3 4 5
#> 1 0.5664 0.8533 0.0335 0.7521 0.2872
#> 2 0.2229 0.1264 0.2589 0.2414 0.6127
#> 3 0.2107 0.0203 0.7075 0.0065 0.1001
#>
#> parent SUB_98 SUB_03 SUB_08
#> child DRK_98 DRK_03 DRK_08
#> (F)
#> parent
#> child 1 2 3 4 5
#> 1 0.0871 0.1442 0.0317 0.1525 0.7278
#> 2 0.0617 0.8387 0.0095 0.2302 0.1258
#> 3 0.8512 0.0170 0.9588 0.6173 0.1463
#>
#> parent SUB_98 SUB_03 SUB_08
#> child MRJ_98 MRJ_03 MRJ_08
#>
#> RHO :
#> (a)
#> class
#> response 1 2 3
#> 1(V1) 0.0134 1.0000 1.0000
#> 2 0.9866 0.0000 0.0000
#> 1(V2) 0.0000 1.0000 0.6701
#> 2 1.0000 0.0000 0.3299
#> 1(V3) 0.0000 0.8833 0.0000
#> 2 1.0000 0.1167 1.0000
#> 1(V4) 0.0000 0.6460 0.0000
#> 2 1.0000 0.3540 1.0000
#>
#> V1 V2 V3 V4
#> SMK_98 ESMK_98 FSMK_98 DSMK_98 HSMK_98
#> SMK_03 ESMK_03 FSMK_03 DSMK_03 HSMK_03
#> SMK_08 ESMK_08 FSMK_08 DSMK_08 HSMK_08
#> (b)
#> class
#> response 1 2 3
#> 1(V1) 1.0000 1.0000 0.0759
#> 2 0.0000 0.0000 0.9241
#> 1(V2) 1.0000 0.5760 0.0000
#> 2 0.0000 0.4240 1.0000
#> 1(V3) 0.6934 0.0000 0.0000
#> 2 0.3066 1.0000 1.0000
#> 1(V4) 0.8061 0.0000 0.0000
#> 2 0.1939 1.0000 1.0000
#>
#> V1 V2 V3 V4
#> DRK_98 EDRK_98 CDRK_98 WDRK_98 BDRK_98
#> DRK_03 EDRK_03 CDRK_03 WDRK_03 BDRK_03
#> DRK_08 EDRK_08 CDRK_08 WDRK_08 BDRK_08
#> (c)
#> class
#> response 1 2 3
#> 1(V1) 0.5189 1.0000 0.0002
#> 2 0.4811 0.0000 0.9998
#> 1(V2) 0.0000 1.0000 0.0000
#> 2 1.0000 0.0000 1.0000
#> 1(V3) 0.0000 0.5259 0.0000
#> 2 1.0000 0.4741 1.0000
#> 1(V4) 0.0000 0.3720 0.0000
#> 2 1.0000 0.6280 1.0000
#>
#> V1 V2 V3 V4
#> MRJ_98 EMRJ_98 CMRJ_98 OMRJ_98 SMRJ_98
#> MRJ_03 EMRJ_03 CMRJ_03 OMRJ_03 SMRJ_03
#> MRJ_08 EMRJ_08 CMRJ_08 OMRJ_08 SMRJ_08
# Reorder the RHO parameters as ascending order
reordered1 <- nlsy_jlcpa %>%
reorder(SMK_98 = c(1, 3, 2),
DRK_98 = c(3, 2, 1),
MRJ_98 = c(3, 1, 2))
reordered1 %>% param
#> PI :
#> (PROF)
#> class
#> 1 2 3 4
#> 0.2790 0.2146 0.2869 0.2195
#>
#> TAU :
#> (A)
#> parent
#> child 1 2 3 4
#> 1 0.0000 0.0000 0.1745 0.0000
#> 2 0.0901 0.4456 0.1939 0.0403
#> 3 0.3771 0.1675 0.1825 0.7018
#> 4 0.2620 0.0000 0.0000 0.0813
#> 5 0.2709 0.3869 0.4491 0.1766
#>
#> parent PROF
#> child SUB_98
#> (B)
#> parent
#> child 1 2 3 4
#> 1 0.0000 0.0114 0.8719 0.0000
#> 2 0.0000 0.9617 0.0000 0.0079
#> 3 0.0000 0.0000 0.0965 0.9210
#> 4 0.9941 0.0000 0.0000 0.0711
#> 5 0.0059 0.0269 0.0316 0.0000
#>
#> parent PROF
#> child SUB_03
#> (C)
#> parent
#> child 1 2 3 4
#> 1 0.0019 0.1821 0.8024 0.0319
#> 2 0.0097 0.7202 0.0000 0.0000
#> 3 0.0573 0.0442 0.1844 0.7168
#> 4 0.9311 0.0356 0.0084 0.2473
#> 5 0.0000 0.0179 0.0048 0.0040
#>
#> parent PROF
#> child SUB_08
#> (D)
#> parent
#> child 1 2 3 4 5
#> 1 0.0254 0.0457 0.9505 0.7958 0.1613
#> 2 0.2230 0.2853 0.0444 0.2042 0.6755
#> 3 0.7516 0.6690 0.0051 0.0000 0.1631
#>
#> parent SUB_98 SUB_03 SUB_08
#> child SMK_98 SMK_03 SMK_08
#> (E)
#> parent
#> child 1 2 3 4 5
#> 1 0.2107 0.0203 0.7075 0.0065 0.1001
#> 2 0.2229 0.1264 0.2589 0.2414 0.6127
#> 3 0.5664 0.8533 0.0335 0.7521 0.2872
#>
#> parent SUB_98 SUB_03 SUB_08
#> child DRK_98 DRK_03 DRK_08
#> (F)
#> parent
#> child 1 2 3 4 5
#> 1 0.8512 0.0170 0.9588 0.6173 0.1463
#> 2 0.0871 0.1442 0.0317 0.1525 0.7278
#> 3 0.0617 0.8387 0.0095 0.2302 0.1258
#>
#> parent SUB_98 SUB_03 SUB_08
#> child MRJ_98 MRJ_03 MRJ_08
#>
#> RHO :
#> (a)
#> class
#> response 1 2 3
#> 1(V1) 0.0134 1.0000 1.0000
#> 2 0.9866 0.0000 0.0000
#> 1(V2) 0.0000 0.6701 1.0000
#> 2 1.0000 0.3299 0.0000
#> 1(V3) 0.0000 0.0000 0.8833
#> 2 1.0000 1.0000 0.1167
#> 1(V4) 0.0000 0.0000 0.6460
#> 2 1.0000 1.0000 0.3540
#>
#> V1 V2 V3 V4
#> SMK_98 ESMK_98 FSMK_98 DSMK_98 HSMK_98
#> SMK_03 ESMK_03 FSMK_03 DSMK_03 HSMK_03
#> SMK_08 ESMK_08 FSMK_08 DSMK_08 HSMK_08
#> (b)
#> class
#> response 1 2 3
#> 1(V1) 0.0759 1.0000 1.0000
#> 2 0.9241 0.0000 0.0000
#> 1(V2) 0.0000 0.5760 1.0000
#> 2 1.0000 0.4240 0.0000
#> 1(V3) 0.0000 0.0000 0.6934
#> 2 1.0000 1.0000 0.3066
#> 1(V4) 0.0000 0.0000 0.8061
#> 2 1.0000 1.0000 0.1939
#>
#> V1 V2 V3 V4
#> DRK_98 EDRK_98 CDRK_98 WDRK_98 BDRK_98
#> DRK_03 EDRK_03 CDRK_03 WDRK_03 BDRK_03
#> DRK_08 EDRK_08 CDRK_08 WDRK_08 BDRK_08
#> (c)
#> class
#> response 1 2 3
#> 1(V1) 0.0002 0.5189 1.0000
#> 2 0.9998 0.4811 0.0000
#> 1(V2) 0.0000 0.0000 1.0000
#> 2 1.0000 1.0000 0.0000
#> 1(V3) 0.0000 0.0000 0.5259
#> 2 1.0000 1.0000 0.4741
#> 1(V4) 0.0000 0.0000 0.3720
#> 2 1.0000 1.0000 0.6280
#>
#> V1 V2 V3 V4
#> MRJ_98 EMRJ_98 CMRJ_98 OMRJ_98 SMRJ_98
#> MRJ_03 EMRJ_03 CMRJ_03 OMRJ_03 SMRJ_03
#> MRJ_08 EMRJ_08 CMRJ_08 OMRJ_08 SMRJ_08
# Label class1: nonuse
# class2: lifetime use
# class3: current use
# Reorder the TAU parameters for joint classes as ascending order
reordered2 <- reordered1 %>%
reorder(SUB_98 = c(3, 4, 5, 1, 2))
reordered2 %>% param
#> PI :
#> (PROF)
#> class
#> 1 2 3 4
#> 0.2790 0.2146 0.2869 0.2195
#>
#> TAU :
#> (A)
#> parent
#> child 1 2 3 4
#> 1 0.3771 0.1675 0.1825 0.7018
#> 2 0.2620 0.0000 0.0000 0.0813
#> 3 0.2709 0.3869 0.4491 0.1766
#> 4 0.0000 0.0000 0.1745 0.0000
#> 5 0.0901 0.4456 0.1939 0.0403
#>
#> parent PROF
#> child SUB_98
#> (B)
#> parent
#> child 1 2 3 4
#> 1 0.0000 0.0000 0.0965 0.9210
#> 2 0.9941 0.0000 0.0000 0.0711
#> 3 0.0059 0.0269 0.0316 0.0000
#> 4 0.0000 0.0114 0.8719 0.0000
#> 5 0.0000 0.9617 0.0000 0.0079
#>
#> parent PROF
#> child SUB_03
#> (C)
#> parent
#> child 1 2 3 4
#> 1 0.0573 0.0442 0.1844 0.7168
#> 2 0.9311 0.0356 0.0084 0.2473
#> 3 0.0000 0.0179 0.0048 0.0040
#> 4 0.0019 0.1821 0.8024 0.0319
#> 5 0.0097 0.7202 0.0000 0.0000
#>
#> parent PROF
#> child SUB_08
#> (D)
#> parent
#> child 1 2 3 4 5
#> 1 0.9505 0.7958 0.1613 0.0254 0.0457
#> 2 0.0444 0.2042 0.6755 0.2230 0.2853
#> 3 0.0051 0.0000 0.1631 0.7516 0.6690
#>
#> parent SUB_98 SUB_03 SUB_08
#> child SMK_98 SMK_03 SMK_08
#> (E)
#> parent
#> child 1 2 3 4 5
#> 1 0.7075 0.0065 0.1001 0.2107 0.0203
#> 2 0.2589 0.2414 0.6127 0.2229 0.1264
#> 3 0.0335 0.7521 0.2872 0.5664 0.8533
#>
#> parent SUB_98 SUB_03 SUB_08
#> child DRK_98 DRK_03 DRK_08
#> (F)
#> parent
#> child 1 2 3 4 5
#> 1 0.9588 0.6173 0.1463 0.8512 0.0170
#> 2 0.0317 0.1525 0.7278 0.0871 0.1442
#> 3 0.0095 0.2302 0.1258 0.0617 0.8387
#>
#> parent SUB_98 SUB_03 SUB_08
#> child MRJ_98 MRJ_03 MRJ_08
#>
#> RHO :
#> (a)
#> class
#> response 1 2 3
#> 1(V1) 0.0134 1.0000 1.0000
#> 2 0.9866 0.0000 0.0000
#> 1(V2) 0.0000 0.6701 1.0000
#> 2 1.0000 0.3299 0.0000
#> 1(V3) 0.0000 0.0000 0.8833
#> 2 1.0000 1.0000 0.1167
#> 1(V4) 0.0000 0.0000 0.6460
#> 2 1.0000 1.0000 0.3540
#>
#> V1 V2 V3 V4
#> SMK_98 ESMK_98 FSMK_98 DSMK_98 HSMK_98
#> SMK_03 ESMK_03 FSMK_03 DSMK_03 HSMK_03
#> SMK_08 ESMK_08 FSMK_08 DSMK_08 HSMK_08
#> (b)
#> class
#> response 1 2 3
#> 1(V1) 0.0759 1.0000 1.0000
#> 2 0.9241 0.0000 0.0000
#> 1(V2) 0.0000 0.5760 1.0000
#> 2 1.0000 0.4240 0.0000
#> 1(V3) 0.0000 0.0000 0.6934
#> 2 1.0000 1.0000 0.3066
#> 1(V4) 0.0000 0.0000 0.8061
#> 2 1.0000 1.0000 0.1939
#>
#> V1 V2 V3 V4
#> DRK_98 EDRK_98 CDRK_98 WDRK_98 BDRK_98
#> DRK_03 EDRK_03 CDRK_03 WDRK_03 BDRK_03
#> DRK_08 EDRK_08 CDRK_08 WDRK_08 BDRK_08
#> (c)
#> class
#> response 1 2 3
#> 1(V1) 0.0002 0.5189 1.0000
#> 2 0.9998 0.4811 0.0000
#> 1(V2) 0.0000 0.0000 1.0000
#> 2 1.0000 1.0000 0.0000
#> 1(V3) 0.0000 0.0000 0.5259
#> 2 1.0000 1.0000 0.4741
#> 1(V4) 0.0000 0.0000 0.3720
#> 2 1.0000 1.0000 0.6280
#>
#> V1 V2 V3 V4
#> MRJ_98 EMRJ_98 CMRJ_98 OMRJ_98 SMRJ_98
#> MRJ_03 EMRJ_03 CMRJ_03 OMRJ_03 SMRJ_03
#> MRJ_08 EMRJ_08 CMRJ_08 OMRJ_08 SMRJ_08
# Label class1: nonuse
# class2: heavy drinking only
# class3: not heavy use
# class4: heavy drinking & smoking
# class5: heavy use
# Reorder the TAU paramters for profiles as ascending order
reordered3 <- reordered2 %>%
reorder(PROF = c(4, 1, 3, 2))
reordered3 %>% param
#> PI :
#> (PROF)
#> class
#> 1 2 3 4
#> 0.2195 0.2790 0.2869 0.2146
#>
#> TAU :
#> (A)
#> parent
#> child 1 2 3 4
#> 1 0.7018 0.3771 0.1825 0.1675
#> 2 0.0813 0.2620 0.0000 0.0000
#> 3 0.1766 0.2709 0.4491 0.3869
#> 4 0.0000 0.0000 0.1745 0.0000
#> 5 0.0403 0.0901 0.1939 0.4456
#>
#> parent PROF
#> child SUB_98
#> (B)
#> parent
#> child 1 2 3 4
#> 1 0.9210 0.0000 0.0965 0.0000
#> 2 0.0711 0.9941 0.0000 0.0000
#> 3 0.0000 0.0059 0.0316 0.0269
#> 4 0.0000 0.0000 0.8719 0.0114
#> 5 0.0079 0.0000 0.0000 0.9617
#>
#> parent PROF
#> child SUB_03
#> (C)
#> parent
#> child 1 2 3 4
#> 1 0.7168 0.0573 0.1844 0.0442
#> 2 0.2473 0.9311 0.0084 0.0356
#> 3 0.0040 0.0000 0.0048 0.0179
#> 4 0.0319 0.0019 0.8024 0.1821
#> 5 0.0000 0.0097 0.0000 0.7202
#>
#> parent PROF
#> child SUB_08
#> (D)
#> parent
#> child 1 2 3 4 5
#> 1 0.9505 0.7958 0.1613 0.0254 0.0457
#> 2 0.0444 0.2042 0.6755 0.2230 0.2853
#> 3 0.0051 0.0000 0.1631 0.7516 0.6690
#>
#> parent SUB_98 SUB_03 SUB_08
#> child SMK_98 SMK_03 SMK_08
#> (E)
#> parent
#> child 1 2 3 4 5
#> 1 0.7075 0.0065 0.1001 0.2107 0.0203
#> 2 0.2589 0.2414 0.6127 0.2229 0.1264
#> 3 0.0335 0.7521 0.2872 0.5664 0.8533
#>
#> parent SUB_98 SUB_03 SUB_08
#> child DRK_98 DRK_03 DRK_08
#> (F)
#> parent
#> child 1 2 3 4 5
#> 1 0.9588 0.6173 0.1463 0.8512 0.0170
#> 2 0.0317 0.1525 0.7278 0.0871 0.1442
#> 3 0.0095 0.2302 0.1258 0.0617 0.8387
#>
#> parent SUB_98 SUB_03 SUB_08
#> child MRJ_98 MRJ_03 MRJ_08
#>
#> RHO :
#> (a)
#> class
#> response 1 2 3
#> 1(V1) 0.0134 1.0000 1.0000
#> 2 0.9866 0.0000 0.0000
#> 1(V2) 0.0000 0.6701 1.0000
#> 2 1.0000 0.3299 0.0000
#> 1(V3) 0.0000 0.0000 0.8833
#> 2 1.0000 1.0000 0.1167
#> 1(V4) 0.0000 0.0000 0.6460
#> 2 1.0000 1.0000 0.3540
#>
#> V1 V2 V3 V4
#> SMK_98 ESMK_98 FSMK_98 DSMK_98 HSMK_98
#> SMK_03 ESMK_03 FSMK_03 DSMK_03 HSMK_03
#> SMK_08 ESMK_08 FSMK_08 DSMK_08 HSMK_08
#> (b)
#> class
#> response 1 2 3
#> 1(V1) 0.0759 1.0000 1.0000
#> 2 0.9241 0.0000 0.0000
#> 1(V2) 0.0000 0.5760 1.0000
#> 2 1.0000 0.4240 0.0000
#> 1(V3) 0.0000 0.0000 0.6934
#> 2 1.0000 1.0000 0.3066
#> 1(V4) 0.0000 0.0000 0.8061
#> 2 1.0000 1.0000 0.1939
#>
#> V1 V2 V3 V4
#> DRK_98 EDRK_98 CDRK_98 WDRK_98 BDRK_98
#> DRK_03 EDRK_03 CDRK_03 WDRK_03 BDRK_03
#> DRK_08 EDRK_08 CDRK_08 WDRK_08 BDRK_08
#> (c)
#> class
#> response 1 2 3
#> 1(V1) 0.0002 0.5189 1.0000
#> 2 0.9998 0.4811 0.0000
#> 1(V2) 0.0000 0.0000 1.0000
#> 2 1.0000 1.0000 0.0000
#> 1(V3) 0.0000 0.0000 0.5259
#> 2 1.0000 1.0000 0.4741
#> 1(V4) 0.0000 0.0000 0.3720
#> 2 1.0000 1.0000 0.6280
#>
#> V1 V2 V3 V4
#> MRJ_98 EMRJ_98 CMRJ_98 OMRJ_98 SMRJ_98
#> MRJ_03 EMRJ_03 CMRJ_03 OMRJ_03 SMRJ_03
#> MRJ_08 EMRJ_08 CMRJ_08 OMRJ_08 SMRJ_08
# Label class1: nonuse stayer
# class2: heavy drinking advancer
# class3: heavy drk & smk advancer
# class4: heavy use advancer